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畜牧業

在飼料中添加半纖維素酶可以促進動物對脂肪和蛋白質的消化及吸收，提高飼料的轉化率；半纖維素酶與蛋白酶組成的酶制劑還能提高豬仔的日增重，降低豬仔死亡率。

食品工業

半纖維素酶可以分解咖啡中的半乳糖為低聚糖，大大降低咖啡的粘度，從而降低了速溶咖啡的生產成本；半纖維素酶可以水解谷物面粉中的木聚糖產生木寡糖從而大大改善了面包的質地結構和松軟度。

復合酶的一個非常重要的功能是參與的工作。以蛋白酶為代表，可以將進入的大分子（淀粉和蛋白質）降解為小于15微米的小分子，以便于充分吸收。淀粉不能被直接吸收，而酶可以將淀粉水解為麥芽糖或更進一步水解為葡萄糖等可以吸收的小分子。不同的酶分解不同的食物底物。在草食性反芻動物的中存在一些可以產生纖維素酶的細菌，纖維素酶可以分解植物細胞壁中的纖維素，從而提供可被吸收的養料。