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微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放線菌蛋白酶。按其對蛋白質作用部位的不同，又可分為內肽酶和外肽酶。按其作用最適pH值可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分為巰基蛋白酶、金屬蛋白酶、絲氨酸蛋白酶，以及只能水解某一種或某兩種氨基酸之間肽鍵的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。

皮革工業的脫毛和軟化已大量利用蛋白酶，既節省時間，又改善勞動衛生條件。蛋白酶還可用于蠶絲脫膠、肉類嫩化、酒類澄清。可作藥用，如用胃蛋白酶，用酸性蛋白酶，用憚性蛋白酶以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶對外科化膿性創口的凈化及胸腔間漿膜粘連的。加酶洗衣粉是洗滌劑中的新產品，含堿性蛋白酶，能去除衣物上的血漬和蛋白污物，但使用時注意不要接觸皮膚，以免損傷皮膚表面的蛋白質，引起皮疹、等過敏現象。