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發酵

1940年，H.A.克雷伯斯提出三羧循環學說以來，檸檬酸的發酵機理逐漸被人們所認識。已經證明，糖質原料生成檸檬酸的生化過程中，由糖變成丙酮酸的過程與酒精發酵相同，亦即通過E-M途徑（二磷酸己糖途徑）進行酵解。然后丙酮酸進一步氧化脫羧生成乙酰輔酶A，乙酰輔酶A和丙酮酸羧化所生成的草酰乙酸縮合成為檸檬酸并進入三羧循環途徑。

檸檬酸是代謝過程中的中間產物。在發酵過程中，當微生物體內的烏頭酸水合酶和異檸檬酸脫氫酶活性很低、而檸檬酸合成酶活性很高時，才有利于檸檬酸的大量積累。 

光合細菌法

光合細菌屬于一種微生物，在不同的水域都有分布。通常情況下，光合作用都會產生氧氣，而這種細菌在光合作用下能夠合成營養物質以滿足自身需求，并且在光合作用的過程中不產生氧氣。光合細菌在水中發揮的作用較大，對于碳、硫等物質的循環有著至關重要的作用。光合細菌體內含有較多的蛋白質，其體內也包含各種維生素，葉酸與酵母相比含量高出很多。除此之外，光合細菌中還含有物質，所以經常在養殖動物的食物中添加光合細菌，進而提高動物的抗病能力。光合細菌處理廢水的步驟較為簡單，并且使用該方法能夠達到很好的效果，不會對水體產生二次污染，處理后的水不含有毒物質，因此處理過的水可以發揮作用，從經濟角度來看利用此種方法處理廢水產生的成本較低，便于管理。